Личная страница

Визуализация молекул в JMol

На данной странице можно увидеть пример визуализации белка и анализа его вторичной структуры (см таблицы).

Мои социальные сети

Таблица 1. Альфа спирали
№	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)

1	[LYS]311:A. H - O [ASP]307:A.	2.01	152.9
2	[ASN]134:A. H - O [SER]131:A.	2.55	167.3
3	[ASN]147:A. H - O [THR]143:A.	2.08	160.9

Таблица 2. Бета тяжи
№	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)

1	[PHE]317:A. H - O [PHE]157:A.	1.94	165.5
2	[VAL]316:A. N - O [GLY]326:A.	2.81	160.6
3	[ASP]160:A. N - O [THR]168:A.	2.92	145.4

Согласно таблице, длины водородной связи и уголы N-O-C не зависят от вида вторичной структуры белка и составляют, в среднем: 2,21 Å и 160,37° для L-спиралей и для B-тяжей. Длина лежит в диапазоне от 1.94 до 2.92 Å, углы от 145.4 до 167.3°. Все показатели находятся в пределах нормы (норма для длины связи: от 1.5 до 3.5 Å для угла: от 145 до 180°[1]).

Источники: [1] Основы биохимии Ленинджера : в 3 т. Т. 1 : Основы биохимии, строение и катализ / Д. Нельсон, М. Кокс ; пер. с англ. — 3-е изд., испр. — 2017.