Визуализация молекул в JMol
На данной странице можно увидеть пример визуализации белка и анализа его вторичной структуры (см таблицы).
На данной странице можно увидеть пример визуализации белка и анализа его вторичной структуры (см таблицы).
№ | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
---|---|---|---|
1 | [LYS]311:A. H - O [ASP]307:A. | 2.01 | 152.9 |
2 | [ASN]134:A. H - O [SER]131:A. | 2.55 | 167.3 |
3 | [ASN]147:A. H - O [THR]143:A. | 2.08 | 160.9 |
№ | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
---|---|---|---|
1 | [PHE]317:A. H - O [PHE]157:A. | 1.94 | 165.5 |
2 | [VAL]316:A. N - O [GLY]326:A. | 2.81 | 160.6 |
3 | [ASP]160:A. N - O [THR]168:A. | 2.92 | 145.4 |
Согласно таблице, длины водородной связи и уголы N-O-C не зависят от вида
вторичной структуры белка и составляют, в среднем: 2,21 Å и 160,37°
для L-спиралей и для B-тяжей. Длина лежит в диапазоне от 1.94 до 2.92 Å,
углы от 145.4 до 167.3°. Все показатели находятся в пределах нормы (норма
для длины связи: от 1.5 до 3.5 Å для угла: от 145 до 180°[1]).
Источники:
[1] Основы биохимии Ленинджера : в 3 т. Т. 1 : Основы биохимии, строение и катализ / Д. Нельсон, М. Кокс ; пер. с англ. — 3-е изд., испр. — 2017.